Stat_function范围被截断(Stat_function range truncated)
我试图使用ggplot2绘制一些数据并拟合非线性曲线。 我想将stat_function与我已定义的nls对象一起使用，但结果会产生截断的曲线。 我查看了以下页面，但到目前为止我还没有找到解决方案：
使用stat_function（）在R中的ggplot中绘制大量自定义函数
http://docs.ggplot2.org/0.9.3/stat_function.html
我对ggplot2不是很有经验，所以如果我遗漏了一些简单的东西，我很抱歉，我很感激任何帮助。 这是我的示例数据：
df=structure(list(Spp = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Dugentia", "Eugenia", "Faramea", "Licania", "Mouriri"), class = "factor"), Tx = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Control", "Drought"), class = "factor"), no. = structure(c(1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L), .Label = c("1", "101", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "7A", "9"), class = "factor"), Fv.Fm = c(0.74, 0.702, 0.797, 0.782, 0.769, 0.759, 0.701, 0.805, 0.79, 0.775, 0.763, 0.725, 0.8, 0.786, 0.774, 0.759, 0.664, 0.791, 0.776, 0.758, 0.729, 0.592, 0.757, 0.722, 0.681, 0.66, 0.084, 0.652, 0.633, 0.63, 0.569, 0.259, 0.424, 0.376, 0.432, 0.771, 0.696, 0.685, 0.761, 0.782, 0.772, 0.736, 0.775, 0.784, 0.755, 0.707, 0.746, 0.777, 0.765, 0.705, 0.744, 0.706, 0.55, 0.582, 0.635, 0.615, 0.384, 0.504, 0.513, 0.584, 0.378, 0.328, 0.302), Temp. = c(27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L, 35L, 35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 45L, 48L, 48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 50L, 50L, 50L, 50L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 30L, 30L, 35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 50L, 50L, 50L)), .Names = c("Spp", "Tx", "no.", "Fv.Fm", "Temp."), class = "data.frame", row.names = c(NA, 63L))这是我到目前为止用ggplot2绘制的情节：
library(ggplot2) f1 = ggplot(data = df, aes(x = Temp., y = Fv.Fm, group = Tx) ) f2<-f1+ geom_point(aes(shape=Tx, fill=Tx), size=4) f3 <- f2 + scale_x_continuous("Temperature (°C)", limits=c(25,55)) + scale_y_continuous("Fv/Fm", limits = c(0, 1)) + scale_shape_manual(values=c(24,21)) + scale_fill_manual(values=c("#4D4D4D","#E6E6E6")) + theme_bw() d4 <- f3 + theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.x = element_text(size = 11), axis.text.y = element_text(size = 11), legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size=12))所有这一切都运行良好，但是当我创建一个nls对象并尝试将其与stat_function一起使用时，我得到一条被截断的曲线。 我想将曲线向下延伸到x轴。 还会生成错误。
my.nls<-nls(Fv.Fm~a*(-exp(Temp.)+b), data = df, start=list(a=1*10^-20, b=5*10^21)) new<-d4+stat_function(fun=function(x){coef(my.nls)[1]*(-exp(x)+coef(my.nls)[2])}) new我想要的是更像下面使用基本的r功能的东西，但是ggplot2提供了所有的铃声和口哨声，并且最终每个治疗（Tx）都有一个nls曲线。
x<-seq(27, 55, length.out = 200) y <- predict(my.nls,list(Temp. = x)) plot(df$Temp., df$Fv.Fm) lines(x,y)I am trying to use ggplot2 to plot some data and fitted non-linear curves. I want to use stat_function with nls objects that I have already defined, but the result produces a truncated curve. I have looked at the following pages but so far I haven't found a solution:
R - ggplot2 extrapolated regression lines in linear region
Plotting a large number of custom functions in ggplot in R using stat_function()
http://docs.ggplot2.org/0.9.3/stat_function.html
Equivalent of curve() for ggplot
I am not very experienced with ggplot2, so I apologize if I am missing something simple and I'm grateful for any help. Here my example data:
df=structure(list(Spp = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Dugentia", "Eugenia", "Faramea", "Licania", "Mouriri"), class = "factor"), Tx = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Control", "Drought"), class = "factor"), no. = structure(c(1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 3L, 4L, 5L, 6L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L, 5L, 6L, 7L, 8L), .Label = c("1", "101", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "7A", "9"), class = "factor"), Fv.Fm = c(0.74, 0.702, 0.797, 0.782, 0.769, 0.759, 0.701, 0.805, 0.79, 0.775, 0.763, 0.725, 0.8, 0.786, 0.774, 0.759, 0.664, 0.791, 0.776, 0.758, 0.729, 0.592, 0.757, 0.722, 0.681, 0.66, 0.084, 0.652, 0.633, 0.63, 0.569, 0.259, 0.424, 0.376, 0.432, 0.771, 0.696, 0.685, 0.761, 0.782, 0.772, 0.736, 0.775, 0.784, 0.755, 0.707, 0.746, 0.777, 0.765, 0.705, 0.744, 0.706, 0.55, 0.582, 0.635, 0.615, 0.384, 0.504, 0.513, 0.584, 0.378, 0.328, 0.302), Temp. = c(27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L, 35L, 35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 45L, 48L, 48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 50L, 50L, 50L, 50L, 27L, 27L, 27L, 27L, 30L, 30L, 30L, 30L, 35L, 35L, 35L, 35L, 40L, 40L, 40L, 40L, 45L, 45L, 45L, 45L, 48L, 48L, 48L, 48L, 50L, 50L, 50L, 50L)), .Names = c("Spp", "Tx", "no.", "Fv.Fm", "Temp."), class = "data.frame", row.names = c(NA, 63L))Here is what I have so far for making the plot with ggplot2:
library(ggplot2) f1 = ggplot(data = df, aes(x = Temp., y = Fv.Fm, group = Tx) ) f2<-f1+ geom_point(aes(shape=Tx, fill=Tx), size=4) f3 <- f2 + scale_x_continuous("Temperature (°C)", limits=c(25,55)) + scale_y_continuous("Fv/Fm", limits = c(0, 1)) + scale_shape_manual(values=c(24,21)) + scale_fill_manual(values=c("#4D4D4D","#E6E6E6")) + theme_bw() d4 <- f3 + theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.x = element_text(size = 11), axis.text.y = element_text(size = 11), legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size=12))All of that works well, but then when I make an nls object and try to use it with stat_function I get a curve that is truncated. I would like to extend the curve down to the x-axis. There is also an error generated.
my.nls<-nls(Fv.Fm~a*(-exp(Temp.)+b), data = df, start=list(a=1*10^-20, b=5*10^21)) new<-d4+stat_function(fun=function(x){coef(my.nls)[1]*(-exp(x)+coef(my.nls)[2])}) newWhat I want is something more like the following using basic r functionality, but with all the bells and whistles offered by ggplot2, and ultimately one nls curve for each treatment (Tx).
x<-seq(27, 55, length.out = 200) y <- predict(my.nls,list(Temp. = x)) plot(df$Temp., df$Fv.Fm) lines(x,y)
原文：https://stackoverflow.com/questions/21716775
更新时间：2023-09-22 17:09
最满意答案
以下基于
SFINAE的方法似乎产生了预期的结果。 作为额外的奖励，BaseTempl模板可以采用可变参数，而不仅仅是一个参数：#include <iostream> template<typename ...Args> class BaseTempl {}; template<typename T> class inherits_from_basetempl { public: template<typename ...Args> static const bool sfinae_param(const BaseTempl<Args...> &a); template<typename V=T> static constexpr auto is_inherits(int) -> decltype(sfinae_param(std::declval<V &>())) { return true; } static constexpr bool is_inherits(...) { return false; } static const bool value=is_inherits(0); }; class alpha : public BaseTempl< int >{}; class bravo : BaseTempl< int >{}; class charlie{}; class delta : public BaseTempl< int >, public charlie {}; class echo : public delta {}; int main() { std::cout << inherits_from_basetempl<alpha>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<bravo>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<charlie>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<delta>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<echo>::value << std::endl; }结果：
$ gcc --version gcc (GCC) 5.3.1 20151207 (Red Hat 5.3.1-2) Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc. This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. $ g++ -std=c++14 -o t t.C 2>&1 | less $ ./t 1 0 0 1 1The following
SFINAE-based approach appears to produce the expected result. As an extra bonus, theBaseTempltemplate can take variadic parameters, and not just one parameter:#include <iostream> template<typename ...Args> class BaseTempl {}; template<typename T> class inherits_from_basetempl { public: template<typename ...Args> static const bool sfinae_param(const BaseTempl<Args...> &a); template<typename V=T> static constexpr auto is_inherits(int) -> decltype(sfinae_param(std::declval<V &>())) { return true; } static constexpr bool is_inherits(...) { return false; } static const bool value=is_inherits(0); }; class alpha : public BaseTempl< int >{}; class bravo : BaseTempl< int >{}; class charlie{}; class delta : public BaseTempl< int >, public charlie {}; class echo : public delta {}; int main() { std::cout << inherits_from_basetempl<alpha>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<bravo>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<charlie>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<delta>::value << std::endl; std::cout << inherits_from_basetempl<echo>::value << std::endl; }Results:
$ gcc --version gcc (GCC) 5.3.1 20151207 (Red Hat 5.3.1-2) Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc. This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. $ g++ -std=c++14 -o t t.C 2>&1 | less $ ./t 1 0 0 1 1
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