首页 \ 问答 \ 获取Python错误“from:无法读取/ var / mail / Bio”(Getting Python error “from: can't read /var/mail/Bio”)

获取Python错误“from:无法读取/ var / mail / Bio”(Getting Python error “from: can't read /var/mail/Bio”)

我正在运行(生物)python脚本,导致以下错误:

from: can't read /var/mail/Bio

看到我的脚本没有任何东西与邮件,我不明白为什么我的脚本看/ var / mail。

这里似乎是什么问题? 我怀疑这将有助于脚本似乎不是问题,但这是我的脚本无论如何:

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import ProtParam

handle = open("examplefasta.fasta") 
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): 
    seq = str(record.seq)
    X = ProtParam.ProteinAnalysis(seq)
    print X.count_amino_acids() 
    print X.get_amino_acids_percent() 
    print X.molecular_weight() 
    print X.aromaticity() 
    print X.instability_index() 
    print X.flexibility() 
    print X.isoelectric_point() 
    print X.secondary_structure_fraction()

这里有什么问题? 不好的python设置? 我真的不认为这是脚本。


I am running a (bio)python script which results in the following error:

from: can't read /var/mail/Bio

seeing as my script doesn't have anything to with mail, I don't understand why my script is looking in /var/mail.

What seems to be the problem here? i doubt it will help as the script doesn't seem to be the problem, but here's my script anyway:

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import ProtParam

handle = open("examplefasta.fasta") 
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): 
    seq = str(record.seq)
    X = ProtParam.ProteinAnalysis(seq)
    print X.count_amino_acids() 
    print X.get_amino_acids_percent() 
    print X.molecular_weight() 
    print X.aromaticity() 
    print X.instability_index() 
    print X.flexibility() 
    print X.isoelectric_point() 
    print X.secondary_structure_fraction()

what is the problem here? bad python setup? I really don't think it's the script.


原文:https://stackoverflow.com/questions/16069816
更新时间:2024-03-22 08:03

最满意答案

我相信pdf_info.ps(gs / toolbin)会告诉你这个。 Ghostscript希望事先知道页面是否使用透明度,因为如果它知道没有透明度,它可以对性能和内存进行优化。

请注意,浮动的大量PDF文件声明“虚假”透明度,透明度变为100%不透明:-(


I believe pdf_info.ps (gs/toolbin) will tell you this. Ghostscript wants to know in advance if a page uses transparency or not because it can do optimisations for performance and memory if it knows there is no transparency.

Note that a large number of PDF files floating about declare 'spurious' transparency where the transparency turns out to be 100% opaque :-(

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